含磷废水有毒性和刺激性、有机物浓度高、pH不稳定、营养化物质较多、恢复比较困难等特点。含磷废水污染防治的主要措施，首先是改革生产工艺和设备，减少污染物，防止废水外排，进行综合利用和回收。必须外排的废水，其处理方法随水质和要求而异。
一级处理主要分离水中的悬浮固体物、胶体物、浮油或重油等，可以从采用水质水量调节、自然沉淀、上浮、隔油、催化微电解处理技术、新型催化微电解填料、多相催化氧化处理技术等方法。二级处理主要是去除可生物降解的有机溶解物和部分胶体物，减少废水中的BOD和部分COD，通常采用生物法处理。对于环境卫生标准要求高，而废水的色、臭、味污染严重，或BOD和COD的比值甚小（小于0.3），则须采用三级处理方法进一步净化。化工废水的三级处理，主要是去除废水中难以生物降解的有机污染物和溶解的无机污染物，常用的方法有活性炭吸附和化学氧化，也可采用离子交换或膜分离技术等。
某化工厂含磷废水处理过程如下：